Der damalige Bundesinnenminister Dr. Wolfgang Schäuble berief 2006 die Deutsche Islam Konferenz ein. Er schuf so einen gesamtstaatlichen Rahmen für die Pflege der Beziehungen zwischen dem deutschen Staat und den Muslimen in Deutschland.
Neben dem Plenum, das einmal im Jahr zusammenkam, fand die Arbeit der Deutschen Islam Konferenz in drei regelmäßig tagenden Arbeitsgruppen und einem Gesprächskreis statt.
Staat und Muslime waren im Plenum der ersten Phase der DIK mit jeweils 15 Personen vertreten. Diese Zusammensetzung wird in der aktuellen Deutschen Islam Konferenz beibehalten.
Das Plenum der Deutschen Islam Konferenz 2009 hat ein Zwischen-Resümee verabschiedet und die Studie "Muslimisches Leben in Deutschland" der Öffentlichkeit vorgestellt.
Am 25.06.2009 verabschiedete das vierte Plenum der Deutschen Islam Konferenz ein Zwischen-Resümee, das u.a. Empfehlungen zur Integration in der Schule und zur Imamausbildung enthält.